Para a ERENA, a conservação da biodiversidade, o ordenamento do território e a gestão sustentável dos recursos naturais devem assentar numa sólida base científica e técnica. Para dar resposta a estas exigências, a ERENA criou em 1992 um Departamento de Investigação Aplicada, o qual tem por missão reforçar a competitividade da empresa através da aquisição e disponibilização de informação científica e o desenvolvimento de ferramentas metodológica e tecnológicas inovadoras. Com este objectivo, a ERENA tem vindo a participar em inúmeros projectos de investigação aplicada, em colaboração com universidades e institutos de investigação, nacionais e estrangeiros.